Ende 1998 wurde die Stiftung Bibliothek Werner Oechslin mit Sitz in Einsiedeln gegründet und zu Beginn des Jahres 1999 ein Nutzungsvertrag mit der ETH Zürich abgeschlossen. Damit konnten die idealen Voraussetzungen für eine erfolgreiche Arbeit der Stiftung geschaffen werden. Als selbständige, kleine und dynamische Institution, die durch die feste Verbindung zur ETH Zürich in die Hochschullandschaft eingebunden ist, soll die Bibliothek Werner Oechslin zu einem Kompetenzschwerpunkt werden, zu einem Zentrum wissenschaftlicher Forschung.
Im Rahmen ihrer Schwerpunktsetzung versucht die Stiftung Bibliothek Werner Oechslin, Leistungen von internationaler Bedeutung und Ausstrahlung zu erbringen. Die Bibliothek versteht sich dabei als lebendiger Ort des geistigen Austausches. Junge und erfahrene Vertreter verschiedener Wissens- und Kulturzweige treffen hier aufeinander, Wissenschaftler aus den unterschiedlichsten kulturellen Regionen und Sprachgebieten pflegen das fachliche Gespräch.
Die Stiftung möchte einen bedeutenden Beitrag zur Kultur und Wissenschaft, insbesondere zur Architektur, und damit zur Situierung der Geisteswissenschaften leisten. Sie richtet dabei das besondere Augenmerk auf eine gezielte Talentförderung. Die wissenschaftlichen Aktivitäten der Stiftung Bibliothek Werner Oechslin werden durch einen Beirat begleitet, der sich aus renommierten Kennern der Architektur- und Kunstgeschichte und im weiteren Sinne der Kulturgeschichte zusammensetzt.
Auf die aussergewöhnliche Qualität der Bibliothek Werner Oechslin ist von vielen Seiten hingewiesen worden. Die Initiative, diese Quellensammlung einer wissenschaftlichen Öffentlichkeit zugänglich zu machen, erregte in aller Welt Aufsehen und veranlasste viele prominente Wissenschaftler zu positiven Reaktionen. Aber auch Institutionen, wie etwa die International Society for Intellectual History, die den kultur- und wissenschaftsgeschichtlichen Zusammenhang als aktuelle Forschungsaufgabe erkannt haben, begrüssten diesen Schritt.